물론 위의 혜택은 말소전까지만 유효하고 말소 이후에는 임대소득세와 종합부동산세의 혜택을 받을 수 없기 때문에 등록 말소 이후에는 세부담이 급격히 늘어나게 된다.

조세특례제한법상 주택임대사업자 등록을 한 전용면적 85㎡이하 주택(2018년 9월 13일 이후 취득은 기준시가 6억원 기준 추가)은 8년 임대시 50%의 장기보유특별공제를 받을 수 있고 10년 임대시에는 70%의 장기보유특별공제를 받을 수 있다.
하지만 자동 말소 규정이 생기면서 지자체와 세무서의 등록일이 달라 자동 말소 되는 경우 세법상 정하는 임대기간을 채우지 못하여 50%의 장기보유특별공제를 받지 못하는 상황이 생길 수 있다는 우려가 많았다. 하지만 다행히 장기일반민간임대로 등록한 아파트가 8년이 지나 등록이 자동 말소된경우 세법상 의무임대기간을 채운 것으로 간주하기 때문에 여전히 50%의 장기보유특별공제를 받을 수 있게 되었다.
그러나 자동 말소 된 경우 8년까지만 인정해줄 뿐 10년을 인정해주는 것은 아니기 때문에 70%의 장기보유특별공제를 받을 수 없다.

『민간임대주택에 관한 특별법』일부 개정으로 주택임대사업자 등록이 말소 되어 그동안 받을 수 있을 것이라고 생각했던 세제 혜택이 줄어들거나 말소 후 보유세가 급격히 늘어나는 부분도 있다. 개정 내용을 확인하고 본인의 세금을 미리 알아보고 이에 맞는 의사결정을 해야할 때이다.