해외증시에 상장된 ETF에서 주식매매차익이 발생하면 양도소득세(22%)를 납부해야 하지만, 국내 상장 ETF에서 발생한 해외주식 매매차익에는 배당소득세(15.4%)가 부과된다. 게다가 해외주식 매매차익을 전부 배당소득으로 보기 때문에 금융소득 종합과세 대상이 될 수 있다. 특히 장기 투자자의 세부담이 커질 수 있다. 왜냐하면 오랜 보유기간 동안 누적된 차익이 환매하는 해에 한꺼번에 배당소득으로 과세되기 때문이다.

여러 개의 ETF에 분산투자 하는경우도 문제다. 3개의 해외주식형 ETF에 투자할 경우, 2개의 ETF에서는 각각 100만원씩 손실을 봤지만, 나머지 1개에서는 200만원 수익을 얻었다. 포트폴리오 전체 손익은 0가 된다. 그러나 세금은200만원수익이 난 ETF로 인해 내야 한다.

이 같은 세부담을 피하려면 연금계좌를 이용하면 된다. 연금저축과 IRP는 은행, 증권, 보험사에서 가입할 수 있는데, 증권사에서 연금계좌를 개설하면 국내 상장된 ETF에 투자할 수 있다. 연금계좌에서는 해외주식 매매차익이 발생하더라도 당장 세금을 부과하지 않는다. 따라서 금융소득종합과세도 걱정할 필요가 없다. 과세는 매매차익을 인출하는시점에 한다. 과세시기를 뒤로 미루는 효과 이외에 연금으로 수령하면 세율도 떨어뜨릴 수 있다. 연금계좌 발생한 매매차익을 55세 이후에 연금형태로 인출하면 낮은 세율(3.3~5.5%)의 연금소득세만 납부하면 된다.