우선 국내 상장 ETF와 해외 상장 ETF 중 어떤 것에 투자할지 결정해야 한다. 둘의 가장 큰 차이는 이익에 대한 과세방법이다. 국내 상장 나스닥100 ETF는 이익에 대해 15.4%의 배당소득세 및 지방소득세를 내야 한다. 또한 다른 이자 및 배당소득과 합쳐 연 2000만원이 넘으면 다른 소득과 합산해 종합과세 된다.

해외 상장 나스닥100 ETF의 경우 매매차익에 대해 22% 세율로 양도소득세 및 지방소득세를 낸다. 이때 매매차익은 손실상계가 된다. 예를 들어 어떤 해에 두 번 매매했는데, 첫 매매에서 1000만원의 이득이 발생하고 두 번째 매매에서 500만원 손실을 봤다면, 순이익 500만원만 과세대상 소득이 되는 것이다. 또한 매매차익에서 연간 250만원까지는 공제해준다. 연 500만원의 순이익이 발생했다면 250만원에 대해서만 세금을 내면 된다. 양도소득이기 때문에 분리과세 된다는 점도 특징이다.

세금 외의 면은 국내 상장 ETF나 해외 상장 ETF나 비슷하다. 어차피 동일한 지수를 추종하기 때문이다. 다만 해외 상장 나스닥100 ETF는 미국에 상장되어 있다 보니 운용 규모가 크고 거래량이 국내 상장 ETF들보다 많다. 그러나 한국 시간으로 야간에 거래해야 하고, 달러로 환전하는 과정에서 환전 비용이 발생하며, 매매 수수료도 국내 상장 ETF보다 높은 편이다. 연금저축, IRP, ISA 등 절세계좌에서 매매할 수 없다는 점도 주의해야 한다.

일반적으로 금융소득종합과세 우려가 있는 투자자는 해외상장 ETF가 적합하며, 일반투자자 및 절세계좌를 통해 투자하려는 사람은 국내 상장 ETF를 선택하는 것이 유리하다.